Способ очистки защищенных неионных олигонуклеотидов, включающий в себя следующие стадии: а) - получения раствора защищенного олигонуклеотида в, по меньшей мере, одном растворителе А, имеющем точку кипения ниже чем точка кипения растворителя В, - нагревания раствора до температуры, по меньшей мере, 30°С, но ниже точки кипения, по меньшей мере, растворителя А, - добавления растворителя В до видимого осаждения вещества в растворе, причем указанный растворитель В представляет собой спирт, содержащий от 1 до 6 атомов С, или диол, содержащий от 2 до 6 атомов С, - охлаждения раствора при перемешивании до образования супернатанта и осадка, - удаления супернатанта или b) - получения растворителя В, причем указанный растворитель В представляет собой спирт, содержащий от 1 до 6 атомов С, или диол, содержащий от 2 до 6 атомов С, - нагревание растворителя В до температуры выше 30°С, но ниже точки кипения растворителя В, - добавление раствора защищенного олигонуклеотида в, по меньшей мере, одном растворителе А до видимого осаждения вещества в растворе, - охлаждения раствора при перемешивании до образования супернатанта и осадка, - удаления супернатанта. Данный способ является эффективным, в частности для крупномасштабных синтезов олигонуклеотидов и их интермедиатов. 2 н. и 16 з.п. ф-лы.