Изобретение относится к способу обработки поверхности подложки. Техническим результатом изобретения является обеспечение эффективности очистки поверхности. Способ обработки включает осаждение, по меньшей мере, одной тонкой пленки А на часть поверхности упомянутой подложки, причем стадию осаждения осуществляют способом вакуумного напыления. Затем генерируют с помощью, по меньшей мере, одного линейного ионного источника плазму из ионизированных частиц из газа или смеси газов и, по меньшей мере, одну часть поверхности пленки А подвергают воздействию плазмы для модификации, по меньшей мере, частично, поверхности пленки А ионизированными частицами. После чего осуществляют осаждение, по меньшей мере, одной пленки В на одну часть поверхности пленки А, причем данную стадию осуществляют способом вакуумного напыления. 6 н. и 12 з.п. ф-лы, 3 табл.