Изобретение относится к бытовым и промышленным технологиям очистки воды от микробиологических загрязнений, борьбы с биообрастанием в системах фильтрации, хранения и подачи воды. Способ энергонезависимой, безреагентной, нетоксичной очистки воды от микробиологических загрязнений включает протекание потока обрабатываемой воды через бактерицидный фильтр-элемент из пористого полимерного материала, модифицированного наноструктурными частицами, погруженный в обрабатываемую воду и размещенный вдоль направления протекания потока воды. При этом в качестве пористого полимерного материала используют полиэтилен, а в качестве наноструктурных частиц - частицы серебра, меди. Скорость протекания обрабатываемой воды устанавливают не выше 2,5 м/сек. Геометрические размеры системы фильтр-элементов рассчитывают, исходя из того, что время протекания воды вдоль фильтр-элементов составляет не менее 0,25 сек, а соотношение сечений обрабатываемого потока воды и бактерицидного фильтр-элемента составляет не более 5:1. В процессе реализации способа обеспечивается безреагентная очистка воды от микробиологических загрязнений без предварительной очистки воды с эффективным использованием бактерицидных свойств нетоксичных нанокомпозиционных материалов, исключающих миграцию наноструктурных металлов, прочно закрепленных в порах бактерицидных фильтр-элементов. 2 ил., 4 табл.