Изобретение относится к обеззараживанию балластной воды судов путем уничтожения находящихся в воде водных организмов. Способ включает забор воды из открытого водного объекта, проведение ее через протяженную систему трубопроводов различного диаметра, в которой напор давления воды уменьшается до отметки ниже атмосферного давления в первой точке системы благодаря увеличению скоростного напора воды в первой точке, и направление в балластную цистерну 106 судна, при этом в воду вводят газ и пропускают воду через электроды, на которые подается электрическая энергия. Система трубопроводов разделена на зоны, в том числе: первая коническая зона 124, в основном, в виде усеченного конуса, имеющая выход, образующий первое отверстие с первым диаметром, а также вход, образующий второе отверстие со вторым диаметром, который больше первого диаметра; первая реакторная зона 136, в основном, цилиндрической формы, с третьим диаметром, который больше первого диаметра, при этом первая реакторная зона 136 соединена с выходом первой конической зоны 124 посредством радиально расположенного соединительного патрубка 130, 132 так, что диаметр системы трубопроводов резко увеличивается непосредственно после первого отверстия конической зоны 124; при этом размер первого диаметра выбран таким образом, чтобы в воде, протекающей по системе трубопроводов, начала создаваться кавитация. Изобретение позволяет быстро и эффективно обеззараживать большие объемы балластной воды. 2 н. и 11 з.п. ф-лы, 5 ил.