Изобретение относится к способу стерилизации, по меньшей мере, частично отформованных упаковок с помощью облучения пучком электронов в упаковочной машине. Способ содержит этапы деления, по меньшей мере, внутренней поверхности упаковки на, по меньшей мере, две области, которые должны стерилизоваться. Стерилизуют две из, по меньшей мере, двух областей посредством того, что обеспечивают устройство электронно-лучевой стерилизации для каждой из двух областей. Устройства стерилизации являются адаптированными к характеристикам каждой одной из двух областей. При этом обеспечивают относительное перемещение между упаковкой и каждым из двух устройств электронно-лучевой стерилизации. Затем транспортируют упаковку в пункт для наполнения упаковки продуктом через проем и запечатывают упаковку. Изобретение обеспечивает повышение равномерности стерилизации упаковки на всех ее частях. 9 з.п. ф-лы, 11 ил.